Kullanılan sistemlere bağlı olarak, BIOS ya da UEFI ayarlarında çok sayıda SATA kontrolcü yapılandırmaları mevcuttur. Bu yapılandırmalar ile SSD sürücünün sistem ile ne şekilde çalışacağı yönetilir.
AHCI (Advance Host Controller Interface): SATA kontrolcü iletişim için kullanılan en güncel ve yaygın standarttır. TRIM gibi işlevlere sunduğu destek ile SATA sürücüler için en iyi performansın elde edilmesini sağlar. Günümüz işletim sistemleri ve donanımlar için en çok önerilen yapılandırma türüdür. Uyumluluk ve yazılım sorunları gibi olası sorunlar haricinde tüm kullanıcılar için önerilir.
IDE (Integrated Drive Electronics): 90’lardan kalma eski nesil bir standarttır. Düşük performansı ve yeni nesil donanımlar ile uyumsuzluğu nedeni ile AHCI yerine kullanılması önerilmez. Bu tercih genellikle AHCI desteği olmayan eski nesil işletim sistemleri (XP örneğin) ya da IDE dışında SSD SATA yapılandırmalarında sorun çıkması durumunda kullanılması önerilir.
Yukarıda bahsi geçen yapılandırmalar, farklı sistem ya da anakart üreticileri tarafından BIOS içerisinde farklı adlandırmalar ile kullanılabilmektedir. AHCI “Serial ATA” ya da IDE sadece “ATA” veya “Legacy” olarak adlandırılabilmektedir. Kullanılan sistem/anakart BIOS ayarları içerisinde bu ifadeleri bulunamıyorsa üretici kullanım kılavuzları incelenmelidir.
RAID (Redundant Array of Independent Disks): Çeşitli yapılandırma seçenekleri sayesinde tüm sistemlerde kullanım için uygun senaryoları mevcuttur. HDD ya da SSD sürücü üreticilerinin sunduğu garanti, RAID yapılandırması kaynaklı hataları kapsamaz. Arızalanmış sürücü RAID yapılandırmasından çıkarılıp tekil sürücü mümkün ise sıfırlandıktan sonra yazılım ve donanım testleri gerçekleştirilir ve arıza tespiti durumunda yenisi ile değişimi gerçekleştirilir.
Yukarıda bahsedilen ve diğer kontrolcü yapılandırmaları, kullanıcılar tarafından BIOS ya da UEFI içerisinde kontrol edildikten sonra işletim sistemi kurulması gereklidir. Aksi durumda karmaşık sürücü ayarları yapılması işletim sisteminin yeniden kurulması gerekebilir. Bu nedenle kurulacak işletim sistemi desteği için ilgili kılavuzlar incelenmelidir.